La COGI-OMH emploie plus de cinquante personnes, pour la plupart des analystes informatiques, des programmeurs, des techniciens en informatique et des techniciens du Service à la clientèle. Un directeur général, un directeur du Service de développement, un directeur des Services à la clientèle et des technologies et deux personnes en secrétariat et en comptabilité complètent ses effectifs.
La COGI-OMH emploie également des sous-traitants qui assument divers mandats : installation et réparation du matériel informatique, entretien du réseau partout au Québec, soutien aux membres dans l'utilisation du logiciel comptable, etc. De plus, lorsque la COGI-OMH entreprend des dossiers majeurs nécessitant une expertise de pointe, elle fait régulièrement appel à des firmes de conseillers externes.
La COGI-OMH est chapeautée par un conseil d'administration composé de sept personnes, dont trois sont nommées par la SHQ et quatre élues parmi les organismes membres.